Sekolah Menengah Kejuruan (SMK) Negeri 3 Teknologi dan Rekayasa Jayapura yang dahulu bernama “Sekolah Teknik Menengah Negeri (STMN)” adalah salah-satu SMK tertua disederetan SMK di Kota Jayapura bahkan diseantero Tanah Papua. Riwayat pendirianya didirikan oleh Pemerintah Belanda dengan nama Lagere Technic School yang kemudian sangat terkenal ketika itu dengan sebutan LTS, dengan Kompetensi Keahlian (Jurusan) pertamanya adalah Teknik Mesin (Machine). Seiring perjalanan waktu serta tuntutan perkembangan kemajuan Ilmu Pengetahuan dan Teknologi (IPTEK) telah mendorong Sekolah ini untuk ikut berkiprah sebagai “Garda Terdepan” dalam mencerdaskan anak bangsa dibidang Teknologi dan Industri di Tanah Papua untuk Pembangunan Bangsa dengan membuka beberapa jurusan lainnya yaitu: Jurusan Teknik Elektronika (1979/1980), Jurusan Teknik Otomotif (1984/1985), dan Jurusan Geologi Pertambangan (1990/1991), pada dekade inilah perubahan nama sekolah ini menjadi Sekolah Menengah Kejuruan Negeri 3 (SMKN-3) Jayapura. Perkembangan terakhir dengan mengikuti Susunan Kurikulum KTSP/K13 berdasarkan Spektrum Kompetensi Keahlian yang baru, maka Program Keahlian Teknik Komputer dan Informatika, dengan Kompetensi Keahlian; Teknik Komputer dan Jaringan (TKJ-2009/2010) menjadi satu Jurusan tersendiri yang terpisah dari Jurusan Teknik Elektronika. Demikian pula halnya dengan Jurusan/Program Keahlian Survei dan Pemetaan, serta Jurusan/Program Keahlian Plambing dan Sanitasi,(2009/2010) masing-masing menjadi Jurusan tersendiri terpisah dari Jurusan Teknik Bangunan. Perkembangan terkini adalah berdasarkan komoditas Sumber Daya Alam (SDA) Papua dan Kebijakan Pembangunan oleh Pemerintah Pusat maupun Daerah serta tuntutan akan kebutuhan dunia kerja terkait, maka dibukalah Program Keahlian Teknologi Energi Terbarukan dengan Kompetensi Keahlian (Jurusan) Teknik Energi Surya, Hidro dan Angin (TESHA-2010/2011)