Politeknik Cilacap dibangun atas dasar gagasan dan semangat Bupati Cilacap pada tahun 2006 untuk memberikan kesempatan masyarakat cilacap meningkatkan tingkat kehidupan melalui jenjang pendidikan tinggi yang selaras dan sejalan dengan program pemerintah cilacap menuju daerah Pro Investasi.

Politeknik Cilacap dibangun atas dasar program hibah dari Dikti 70 % dan Kabupaten Cilacap 30% serta 10 Ha Tanah. Dengan ijin pendirian dari Dikti No.125/D/O/2008 tanggal 8 Juli 2008 dan mengelola 3 Program Studi yaitu Program Studi D3 Teknik Elektronika, Program Studi D3 Teknik Informatika, dan Program Studi D3 Teknik Mesin.

Pada tanggal 3 Oktober 2014, Politeknik Cilacap telah secara resmi beralih status menjadi sebuah perguruan tinggi negeri berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 102 Tahun 2014 tentang Pendirian, Organisasi, dan Tata Kerja Politeknik Negeri Cilacap dan diresmikan secara simbolik bersamaan dengan perguruan tinggi negeri baru (PTNB) di Surabaya pada tanggal 06 Oktober 2014.